Wilayah Kota Administrasi Jakarta Utara mempunyai luas 146,66 km2 Berdasarkan posisi geografisnya, Kota Administrasi Jakarta Utara memiliki batas-batas: di sebelah utara membentang pantai Laut Jawa dari Barat sampai ke Timur sepanjang ± 35 km, sementara di sebelah selatan berbatasan dengan wilayah Jakarta Barat, Jakarta Pusat dan Jakarta Timur, di sebelah timur berbatasan dengan Jakarta Timur dan Kabupaten Bekasi, sebelah barat dengan Kabupaten Tangerang dan Jakarta Barat.
Ketinggian
wilayah dari permukaan laut antara 0 s/d 2 meter, pada beberapa tempat
tertentu berada di bawah permukaan laut yang sebagian besar terdiri dari
rawa-rawa atau empang air payau.
Sebagai wilayah pantai yang beriklim panas, mempunyai suhu rata-rata berkisar 28,97oC pada tahun 2010. Rata-rata curah hujan 191,21 mm3 dengan maksimal curah hujan pada bulan Januari (572,2 mm3) dan kelembaban udara rata-rata 77,9 persen. Sepanjang tahun 2010 rata-rata kecepatan angin di wilayah Jakarta Utara sekitar 4,39 knot.
Curah hujan pada tahun 2010 mencapai 2.294,5 mm3 atau meningkat dibanding tahun lalu yang hanya mencapai 1.631,2 mm3.
Kondisi wilayah yang merupakan daerah pantai dan tempat bermuaranya 13
(tiga belas) sungai, menyebabkan wilayah ini merupakan daerah rawan
banjir, baik kiriman maupun banjir karena air pasang laut.
